تقوم فلاي بغداد بتشغيل احدث الطائرات في الاجواء حيث تملك اسطول يتكون من طائرة من طراز بوينغ 700-737 و خمسة طائرات من طراز بوينغ  737-800 و ثلاثة طائرات من طراز 737-900ER طائرة من طراز بومبرديه CRJ-200 و اخرى من طراز بومبرديه CRJ-900 يبلغ متوسط عمر الطائرة ست سنوات تقريبا، و الشركة حاليا في طور شراء طائرات حديثة سيعلن عن نوعها و طرازها قريبا، اسطول الطائرات الجديدة سيدعم تشغيل العديد من الرحلات القصيرة والمتوسطة والطويلة في الشرق الاوسط